ดาวกระจายที่ลอยละล่องอยู่กลางอากาศ , แสงไฟจากการประดาบกันของเหล่านินจาในหุบเขาที่อยู่ลึกเข้าไปเป็นดินแดนของอิงะ “ นินจาผู้เฒ่า จินโซ ” ( นำแสดงโดย ชิโระ อิโตะ ) ได้เดินทางมาจนถึงขั้นตอนสุดท้ายในการถ่ายทอดวิชานินจาให้กับบุตรชายของตนคือ “ ฮาโตริ ” ( ชินโก คาโตริ ) โดยบททดสอบสุดท้ายนั้นเขาบอกบุตรชายว่าจะต้องยึดถือจรรยาบรรณของนินจาที่ว่า แม้จะต้องตกไปอยู่ใน “ เอโดะ ยุคใหม่ ” ( กรุงโตเกียว - ปัจจุบัน ) ก็ “ ห้ามมิให้ผู้ใดเห็นตัวตนจริง ๆ ของเจ้า ยกเว้นเทพเจ้า มิเช่นนั้นแล้วเจ้าก็จะไม่ได้เป็นนินจาอีกต่อไป

ไกลออกไปข้ามภูเขาไปอีกหลายลูกด้วยความเร็วปานสายฟ้า ฮาโตริได้เดินทางมาจนถึงเมืองโตเกียวที่เต็มไปด้วยตึกระฟ้า เขารู้สึกตื่นเต้นที่จะต้องเข้ารับการทดสอบเป็นครั้งสุดท้าย ซึ่งในฐานะของนินจานั้นภารกิจแรกของเขาก็คือการค้นหาใครสักคนมาเป็นเจ้านาย ดังนั้นฮาโตริจึงตัดสินใจเลือกเด็กนักเรียนชั้นประถม ผู้รู้สึกหดหู่และเหนื่อยหน่ายที่มีชื่อว่า “ เคนอิจิ ” ( ยูริ ชิเนน ) ให้มาเป็นเจ้านายของเขา

ชีวิตภายในบ้านของเคนอิจิไม่มีอะไรที่ทำให้รู้สึกน่าตื่นตาตื่นใจแต่อย่างใด พ่อของเขา ( คาซูยูกิ อาซาโน่ ) ก็เอาแต่ทำงาน แม้เวลาอยู่ในบ้านก็ยังไม่เว้น ในขณะที่แม่ของเขา ( เอโกะ โทดะ ) ก็เอาแต่ซุบซิบนินทากับเพื่อนทั้งวัน ส่วน เคนอิจิ เองก็ไม่ค่อยมีเพื่อนในโรงเรียน ทำให้เขากลายเป็นเด็กที่ค่อนข้างโดดเดี่ยว แต่แล้วทุกอย่างก็เปลี่ยนไปเมื่อมีฮาโตริเข้ามาอยู่ร่วมห้องด้วย และหลังจากนั้นทั้งคู่ก็ได้ร่วมออกผจญภัยกันอย่างลับ ๆ เป็นต้นมา

ในช่วงเวลานี้เอง ได้เกิดเรื่องราวแปลกประหลาดขึ้นในโตเกียว โดยมีผู้ที่ถูกทำร้ายร่างกายจนสลบไปแต่กลับไม่มีบาดแผลใด ๆ ปรากฏอยู่บนร่างของเหยื่อ ผู้เคราะห์ร้ายมีตั้งแต่พนักงานรักษาความปลอดภัย ไปจนถึงเจ้าของร้านขายบะหมี่ ซึ่งไม่มีความเกี่ยวข้องกันเลยแม้แต่น้อย นอกจากนี้ในสถานที่เกิดเหตุยังปรากฏร่องรอยของอาวุธบางอย่างที่มีลักษณะคล้ายกับกริชของนินจา แต่นอกเหนือจากนี้แล้วก็ไม่มีอะไรที่ทำให้ นักสืบทาฮาร่า ( ทาคาชิ อูกาวิ ) ซึ่งเป็นผู้ดูแลคดีนี้ และ คาชิวาดะ ( มิกิชิซะ อะซูม่า ) คู่หู สามารถหาหลักฐานที่จะนำไปสู่การปิดคดีได้แต่อย่างใด

ในเวลาเดียวกันที่ในโรงเรียน เคนอิจิ ก็มีครูคนใหม่ชื่อ “ ซาโต้ ” เข้ามาเป็นขวัญใจคนใหม่ของบรรดานักเรียนด้วยลีลาการสอนที่ดูน่าประหลาดใจ และเมื่อฮาโตริไปที่โรงเรียนกับเจ้านายของเขา เขาจึงต้องใช้ทักษะของนินจาในการปิดบังตัวเอง หากซาโต้กลับสามารถรับรู้ถึงการมาของฮาโตริได้ในทันที ทว่า .. ในที่สุดฐานะของซาโต้ก็ถูกเปิดเผยว่า แท้ที่จริงแล้วเขาเป็นอดีตนินจาโคงะชื่อ “ เคมุมากิ ” ซึ่งเป็นศัตรูของฮาโตริมานานแล้ว

ฮาโตริท้าให้เคมุมากิมาต่อสู้กัน แต่เคมุมากิปฏิเสธและอ้างว่าเขาได้เปลี่ยนตัวเองมาสู่นินจายุคใหม่แล้ว เพราะในอดีตนินจาโคงะหลายคนได้ละทิ้งชีวิตของนินจา และได้เลือกที่จะปรับตัวเองให้เข้ากับสังคมยุคใหม่ด้วยการใช้วิชานินจาที่ร่ำเรียนมาให้เป็นประโยชน์ในชีวิตประจำวันอาทิ ไปเป็นดารา , แม่บ้าน หรือแม้แต่พนักงานบริษัทธรรมดา ๆ

และแม้ว่าจะเป็นความท้าทายในการที่ต้องใช้ชีวิตอยู่ในยุคใหม่ แต่สำหรับฮาโตริแล้วเขากลับเลือกที่จะเป็นนิจาในแบบเก่า และยังระมัดระวังไม่ยอมให้ใครเห็นตัวยกเว้นแต่เพียงเคนอิจิคนเดียวเท่านั้น นอกจากนี้แล้วฮาโตริยังช่วยให้เคนอิจิเป็นคนที่มีความหวังและมีชีวิตชีวามากขึ้น ด้วยการรู้จักที่จะสร้างมิตรภาพกับ “ มิโดริ ” สาวตาบอดที่อาศัยอยู่ข้างโรงเรียน

และเมื่อทั้ง 3 ชักชวนกันไปเที่ยวป่า พวกเขาก็ไม่เคยคิดเลยว่า ในป่าแห่งนั้นจะมีเงามืดที่คอยคุกคามเคนอิจิและเพื่อนของเขาอาศัยอยู่ แต่เจ้าเงามืดนั่นเป็นใครกันล่ะ ? และมันมีวัตถุประสงค์อะไร ? เขาคือเคมุมากิใช่หรือไม่ ? ในขณะที่ฮาโตริเองก็ต้องเลือกระหว่างที่จะปรับตัวเข้ากับสังคมสมัยใหม่ หรือจะใช้ชีวิตในแบบนินจาแบบเดิม

บททดสอบสุดท้ายของฮาโตริจะจบลงอย่างไร ? ติดตามได้จาก NINNIN:THE MOVIE หรือ นินนินนิน - นินจาฮาโตริ …